收到的紙質增值稅專用發票，發票聯和抵扣聯的處理如下：發票聯需要妥善保存，作為會計憑證的一部分，用于日后的財務審計和查賬。抵扣聯則用于申報增值稅時的抵扣，應按照時間順序裝訂，保存以備稅務局檢查。通常建議使用專用的發票夾或文件夾進行分類存檔。