銷售自產的水稻種子是免征增值稅的。因為種子屬于農業生產資料，對農業生產者銷售的自產農產品免征增值稅政策涵蓋了種子銷售，這是為了支持農業生產。 小規模納稅人和一般納稅人的區別 增值稅稅率 / 征收率方面 小規模納稅人：如果放棄免稅，適用 3% 的征收率（目前在稅收優惠政策下，可能有減按 1% 等征收率的情況）。不過在銷售種子免稅的情況下，一般按免稅開票，不涉及征收率。 一般納稅人：若符合免稅條件也是免稅開票；但如果不符合免稅政策（如購進種子再銷售且沒有免稅政策支持），適用 9% 的增值稅稅率。 發票使用方面 小規模納稅人：通常使用增值稅普通發票，如需開具增值稅專用發票，需要到稅務機關代開（部分行業小規模納稅人可自行開具專票）。在銷售種子免稅時，開具免稅的普通發票，發票上稅率欄標注 “免稅” 字樣。 一般納稅人：可以自行開具增值稅專用發票和普通發票。免稅銷售種子時，普通發票稅率欄也是標注 “免稅”；在不免稅的情況下，按照適用稅率開具發票。 稅收申報和核算方面 小規模納稅人：增值稅申報相對簡單，一般按季度申報，主要填寫銷售額等相關信息，對于免稅銷售額也有專門的欄次填寫。核算要求相對較低，重點關注銷售額和減免稅情況。 一般納稅人：需要按月進行增值稅申報，申報內容較為復雜，包括銷項稅額、進項稅額等詳細信息。對于免稅項目，要準確劃分免稅和應稅銷售額對應的進項稅額，核算要求嚴格，因為其對稅收籌劃、成本控制等方面要求更高，以準確計算應納稅額。