親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：

合同約定，增值稅是甲公司負擔，所以甲公司支付給境外公司的款項中并不包括增值稅，所以106萬元是不含稅的金額。

在計算增值稅時=106*6%=6.36萬元。

祝您學習愉快！