親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
如果兩個機構是獨立的法人，應該是分別納稅的，如果確實針對兩個公司的應納稅所得都已經繳納過稅款了，建議和要求補稅的稅局說明情況，提供證明資料，不應該重復納稅

如果是自己繳納錯稅務局了，可以和已繳納稅款的稅務局協商退稅，再重新繳納
祝您學習愉快！