親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：

乙公司于7月1日發現貨物存在瑕疵，這意味著乙公司的權利受到了侵害。盡管甲公司在8月1日回函拒絕乙公司的要求，但訴訟時效的起算點是權利人知道或應當知道權利受到侵害的時間，而不是對方拒絕補救要求的時間。因此，訴訟時效從7月1日起算，而不是從8月1日起算。

祝您學習愉快！