親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：

以下是老師的個人理解，稅局不認可免稅發票并退稅的情況，通常不能計入政府補助收入。

政府補助是指企業從政府無償取得貨幣性資產或非貨幣性資產。其特征包括無償性、來源于政府的經濟資源等。常見的政府補助形式有財政撥款、財政貼息、稅收返還等。稅收返還是指政府按照國家有關規定采取先征后返（退）、即征即退等辦法向企業返還的稅款，屬于以稅收優惠形式給予的一種政府補助。

如果稅局不認可免稅發票并退稅，說明企業原本認為符合免稅及退稅條件的業務存在問題，這種情況下的退稅不屬于政府補助中的稅收返還。因為政府補助中的稅收返還通常是基于企業符合相關稅收優惠政策，政府按照規定程序給予的返還。而這里稅局不認可免稅發票，意味著企業可能不符合免稅及退稅的法定條件，該退稅并非是政府對企業的一種無償資助或優惠，而是企業對稅務政策理解有誤或相關業務操作不符合規定導致的錯誤退稅，需要進行相應的調整和處理，不能作為政府補助收入核算。

祝您學習愉快！