A 公司以股東母親名下房產抵工程款的行為涉及多種稅費。增值稅方面，視房產取得時間不同，按簡易計稅或一般計稅方法繳納，還有以增值稅稅額為依據的城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加。企業所得稅方面，要確認資產轉讓所得或損失并入應納稅所得額繳納。印花稅方面，三方抵債協議屬產權轉移書據，A 公司需按協議所載金額的 0.05% 繳納。此外，還可能涉及土地增值稅。