根據《個人所得稅法實施條例》第二十五條規定，按照國家規定，單位為個人繳付和個人繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、住房公積金，從納稅義務人的應納稅所得額中扣除。所以，合伙企業負擔的投資者的社會保險費、住房公積金，按照國家或省（自治區、直轄市）人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的社會保險費、住房公積金允許在個人應納稅所得額中扣除。