但部分管理人員的工資？

嗯，需要把管理費用也加上。

匯算時，主營業務成本為工人工資（農民工），職工薪酬含農民工和管理人員工資

管理費用不計入到成本里。

勞務公司收甲方付的勞務款，借：銀行 貸：應收賬款-A項目 勞務公司付勞務款時，借：應付賬款-A項目 貸：銀行 開票，借：應收賬款-A項目，貸：收入/稅金 結轉成本 借：工程施工 貸：應付賬款-A項目 借：主成本 貸：工程施工

沒問題，做賬可以這么做。