土地增值稅暫行條例實施細則》規定計算增值額時，取得土地使用權所支付的金額、開發土地的成本費用、新建房及配套設施的成本費用（或者舊房及建筑物的評估價格），以及與轉讓房地產有關的稅金等項目可以扣除。扣除項目的土地增值稅的籌劃應該注意以下問題： （一）扣除項目要按照稅法規定的內容全面歸集，特別是那些分幾個項目先后開發的土地，在核定其已經開發完項目的扣除項目時要包括分攤到該項目的土地使用權取得費用、土地征用及拆遷補償費用以及除土地征用及拆遷補償費用外的其他房地產開發成本，以保證扣除項目的完整。 （二）按照稅法規定扣除項目中的開發間接費用是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括職工工資、職工教育經費、工會經費、折舊費、修理費等，這些費用要與期間費用區分開。由于期間費用中的管理費用與銷售費用是按照土地使用權取得費用與房地產開發成本之和的5%作為扣除項目的，所以如果將開發間接費用錯誤地計入期間費用可能會導致計算土地增值稅偏高。