1.使用的主體不同：增值稅專用發(fā)票一般只能由增值稅一般納稅人領(lǐng)購使用，小規(guī)模納稅人需要使用的，只能經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)后由當(dāng)?shù)氐亩悇?wù)機(jī)關(guān)代開。普通發(fā)票則可以由從事經(jīng)營活動并辦理了稅務(wù)登記的各種納稅人領(lǐng)購使用，未辦理稅務(wù)登記的納稅人也可以向稅務(wù)機(jī)關(guān)申請領(lǐng)購使用普通發(fā)票。 2.聯(lián)次不同：增值稅專用發(fā)票有四個聯(lián)次和七個聯(lián)次兩種。第一聯(lián)為存根聯(lián)（用于留存?zhèn)洳椋诙?lián)為發(fā)票聯(lián)（用于購買方記賬），第三聯(lián)為抵扣聯(lián)（用作購買方扣稅憑證），第四聯(lián)為記賬聯(lián)（用于銷售方記賬）。普通發(fā)票則只有三聯(lián)，第一聯(lián)為存根聯(lián)，第二聯(lián)為發(fā)票聯(lián)，第三聯(lián)為記賬聯(lián)。 3.作用不同：增值稅專用發(fā)票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證。而普通發(fā)票除運(yùn)費(fèi)、收購農(nóng)副產(chǎn)品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。