1.測試目的不同：控制測試的目的評價內部控制的有效性，實質性程序的目的是發現認定層次的重大錯報 2.測試對象不同：控制測試的對象是內部控制，實質性程序的對象是財務信息，包括交易、事項，期末賬戶余額和財務報表的列報 3.必要性不同：控制測試不是必要程序，并非每次審計都必須實施；實質性程序屬于必要程序，不能完全取消。 4.程序的性質不同：控制測試不實施分析、監盤、函證等程序，實質性程序不包括重新執行程序。 5.程序的時間不同：一般情況下，控制測試從期中開始實施，而實質性程序通常在期后執行。 6.確定程序范圍的標準不同：控制測試的樣本規模與注冊會計師對所測試的內部控制的擬信賴程度相適應，實質性程序的樣本規模應足以將檢查風險降低至可接受水平。 7.證據的證明力不同：控制測試提供的證據大都屬于間接證據，不能直接證明認定層次是否不存在重大錯報；實質性程序獲取的證據屬于直接證據