根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及其實施細則的規定，房地產開發公司在土地增值稅清算時，可以按照實際支付的金額扣除相關的成本費用。這些成本費用包括取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、房地產開發費用、與轉讓房地產有關的稅金以及其他扣除項目。 在清算過程中，如果房地產開發公司未一并主張違約金及罰款，那么這些違約金和罰款不應該被納入土地增值稅的扣除范圍。因此，土地增值稅清算時的扣除應該按照實際支付的金額來進行，而不是減去應該主張而未實際主張的違約金和罰款后的余額。 如果房地產開發公司在銷售過程中發生了違約行為，需要支付違約金或罰款，那么這些費用應該被視為與銷售有關的費用，而不是與取得土地使用權或房地產開發成本等直接相關的費用。因此，這些費用也不應該被納入土地增值稅的扣除范圍。