會影響出口退稅額。因為退稅通常以出口貨物離岸價格為基礎計算，貨款被扣實際收款減少，計算退稅的價格基礎降低，退稅額會相應減少。 增值稅專用發票金額與收款不符，可能導致稅務合規問題。若按原發票金額申報退稅而實際收款減少，可能不符合退稅條件，需要妥善處理，如開具紅字發票。 不同貿易方式（FOB、CIF 等）和合同約定條款也會對退稅產生影響。貿易方式決定了賣方責任范圍，合同約定的質量問題處理方式和扣款辦法會影響收入和退稅。