你公司作為農產品初加工企業，收到合作社開具的稅率為 1% 的農產品普通發票，不能抵扣 9%. 根據《財政部 國家稅務總局關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37 號）等文件規定，一般納稅人購進農產品，只有從依照 3% 征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票時，才能以增值稅專用發票上注明的金額和 9% 的扣除率計算進項稅額.