在合并財務報表的編制程序中，應收應付款項是母公司與子公司之間的重要交易項目。以下是處理母公司與子公司之間的應收應付款項的步驟：
1. 確定關聯交易：首先，需要確定母公司與子公司之間的關聯交易，包括銷售、采購、服務等交易。這些交易可能導致應收應付款項的產生。
2. 確定交易條件：在確定關聯交易后，需要明確交易條件，包括交易金額、交易期限、付款方式等。這些條件將影響應收應付款項的計量和確認。
3. 計量和確認：根據交易條件，對應收應付款項進行計量和確認。對于應收款項，應根據實際收到的款項確認收入；對于應付款項，應根據實際支付的款項確認費用或負債。
4. 調整與消除：在合并財務報表的編制過程中，需要進行調整和消除，以消除母公司與子公司之間的內部交易。這些調整和消除通常包括應收應付款項的抵銷或調整，以反映真實的經濟實質。
5. 披露：最后，在合并財務報表中，應對母公司與子公司之間的應收應付款項進行充分披露。披露內容應包括關聯交易的性質、金額、期限、條件等信息，以及相關的會計政策和做法。

需要注意的是，在處理母公司與子公司之間的應收應付款項時，應遵循相關會計準則和規定，確保合并財務報表的準確性和可靠性。