在合并現金流量表中，子公司的非控制權益部分的現金流量應當單獨列示。具體處理方式如下：
1. 首先，將子公司的現金流量表與母公司的現金流量表分開編制。
2. 對于子公司的現金流量表，應當將非控制權益部分的現金流量單獨列示。這包括子公司的凈利潤中歸屬于非控制股東的份額以及非控制股東的其他權益變動對現金流量的影響。
3. 對于母公司的現金流量表，應當將子公司的非控制權益部分的現金流量從總現金流量中扣除。這樣可以確保合并現金流量表中只反映母公司對子公司的控制權益部分的現金流量。

需要注意的是，在編制合并現金流量表時，還需遵循相關會計準則和法規的規定，確保準確、全面地反映企業的現金流量情況。