是的，在計算非居民企業(yè)的應納稅額時，需要考慮稅收協(xié)定。稅收協(xié)定是兩個或多個國家之間為了協(xié)調彼此的稅收管轄權和避免雙重征稅而簽訂的協(xié)議。對于非居民企業(yè)而言，稅收協(xié)定通常會規(guī)定其來源國（即企業(yè)收入來源的國家）和居民國（即企業(yè)注冊或實際管理所在的國家）之間的稅收待遇。

在計算非居民企業(yè)的應納稅額時，稅收協(xié)定可能會影響以下方面：
1. 稅收管轄權：協(xié)定可能會明確規(guī)定哪一國家對哪些類型的收入擁有征稅權。
2. 稅率：協(xié)定可能會規(guī)定一個低于普通稅率的優(yōu)惠稅率，或者特定的征稅條件。
3. 稅收抵免：協(xié)定可能允許企業(yè)在其居民國享受稅收抵免，以避免雙重征稅。
4. 預提稅：協(xié)定可能會規(guī)定一個較低的預提稅稅率，適用于支付給非居民企業(yè)的股息、利息和特許權使用費等。
5. 常設機構：協(xié)定可能對常設機構的定義和征稅規(guī)則有具體規(guī)定。

因此，在計算非居民企業(yè)的應納稅額時，需要根據(jù)適用的稅收協(xié)定來確定企業(yè)的納稅義務和享受的稅收優(yōu)惠。如果不考慮稅收協(xié)定，可能會導致企業(yè)被錯誤地征稅，或者未能享受到應有的稅收優(yōu)惠。