在匯總納稅制度下，總機構扮演著非常重要的角色。總機構是指在企業集團或總公司與分公司之間具有領導和管理職能的最高層級機構。其主要職責包括但不限于以下幾個方面：
1. 統籌安排：總機構需要對整個企業的生產經營活動進行統一規劃和管理，確保各分支機構的經營活動符合國家法律法規的要求。
2. 財務匯總：負責收集、整理并審核各分支機構上報的財務報表及相關資料，保證數據的真實性和準確性。這是匯總納稅的基礎工作之一。
3. 稅款計算與申報：根據國家稅收政策及企業實際經營狀況，由總機構統一計算應繳納的各項稅款，并按時向稅務機關辦理納稅申報手續。對于跨地區經營的企業而言，還需要處理不同地區的稅收差異問題。
4. 繳納和分配稅款：在完成稅款的計算后，總機構需確保及時足額地將稅款匯入指定賬戶；同時，在某些情況下，還需根據各分支機構的實際盈利情況合理分配已繳納的所得稅。
5. 接受稅務檢查：作為匯總納稅的責任主體，當稅務機關對企業進行監督檢查時，總機構應積極配合，并提供必要的財務資料和解釋說明。
6. 法律法規遵守與政策執行：確保企業及其下屬單位嚴格遵守國家稅法規定，正確理解和貫徹實施相關政策變化，避免因違規操作而引發的法律風險。

總之，在匯總納稅過程中，總機構不僅是企業內部管理的核心部門，也是稅務合規的關鍵環節。它需要具備較強的財務管理能力和良好的溝通協調能力，以保障企業的合法權益不受侵害，并促進企業健康穩定發展。