在稅務爭議解決的過程中，雙方應當遵循的基本原則主要包括了合法性原則、合理性原則、公平性原則以及效率原則等。這些原則是確保稅務爭議處理過程公正、合理且高效的重要保障。
1. 合法性原則：這意味著在整個爭議解決過程中，所有行為都必須嚴格遵守國家的法律法規及政策規定。無論是納稅人還是稅務機關，在行使權利和履行義務時均需依法行事，不得有違法的行為發生。
2. 合理性原則：要求在處理具體案件時要充分考慮到實際情況與個案特點，做出合乎情理、符合邏輯的判斷和決定。例如，在計算應納稅額或確定處罰幅度等方面應當依據事實情況作出適當合理的裁量。
3. 公平性原則：指稅務爭議解決過程中對所有參與者一視同仁，不得有任何形式上的歧視或者偏袒行為。無論納稅人的經濟狀況如何、規模大小與否，都應當享有平等對待的權利，并且能夠獲得公正的處理結果。
4. 效率原則：強調在確保質量的前提下提高工作效率，盡量縮短案件處理周期，減少不必要的程序和環節，以便于及時有效地解決稅務爭議問題，減輕當事人負擔。

此外，在實際操作中還應該注重溝通與協商的作用，鼓勵雙方積極尋求共識，通過友好協商的方式盡快達成一致意見，從而有效化解矛盾糾紛。同時也要建立健全相應的監督機制，確保整個過程透明公開，接受社會監督。