社會保險基金會計，既不是企業會計，也不是預算會計。這兩類會計的核算方法都不能完全適用社會保險基金會計。如企業的會計要素一般劃分為資產、負債、所有者權益、成本等，而所有者權益和成本就不適用于社會保險基金會計；再如預算會計，目前的體制差異就更大，從即將實施的事業單位會計來看，經費的收支核算，也不適用社會保險基金會計。社會保險基金會計有它的獨特之處。
1.一個經濟實體，兩個或兩個以上的會計主體。一般情況下，一個經濟實體內只有一個會計主體，如一個公司一套帳，對外報送一套會計報表。而社會保險基金及經辦機構則不同，基金經辦機構是經濟實體，但是，社會保險基金會計與基金經辦機構會計必須分設，不能混在一起。
2.會計平衡公式為“資產＝負債＋基金”，這是社會保險基金會計的一個重要特點。會計核算中會計平衡公式一般為“資產＝權益”，或“資產＝負債＋所有者權益”，或“資產＝負債＋凈資產”。除去公式中的資產、負債，實際上是所有者權益、凈資產、基金等會計概念的選擇。我們認為，“資產＝負債＋基金”的會計平衡公式更能確切反映社會保險基金的特色。所以，會計核算中采用了上述會計平衡公式。
3.銀行存款設“收入戶”、“支出戶”。這是社會保險基金會計的又一特點，每個單位都要在銀行開戶，并設置“銀行存款”帳戶進行核算，這似乎不是一個什么問題，但社會保險基金的銀行存款的設置有它與一般企業單位不同之處。一般企業單位在銀行的帳戶既可以收也可以支，具有結算功能，而基金會計核算辦法規定，收入戶核算收到的養老保險基金及有關收入，該戶除按期將養老保險基金劃入財政專戶存款外，一般只收不支；支出戶核算養老保險基金的支付及有關費用支出，該戶除從財政專戶存款中撥入款項外，一般只支不收。此外，基金還設置了“財政專戶存款”帳戶。這個經濟業務是社會保險基金所持有的，這也是我國為加強預算外資金管理，采取的一個強有力的手段。為了保證社會保險基金的安全、完整，有計劃地收繳與發放，防止挪用、侵蝕基金，財政部門將社會保險基金視同財政資金納入預算進行管理，規定社會保險基金應存入財政專戶中。
