在國家鼓勵大眾創業，萬眾創新的背景之下，《財政部、國家稅務總局關于將國家自主創新示范區有關稅收試點政策推廣到全國范圍實施的通知》（財稅〔2015〕116號，以下簡稱“116號文件”）的出臺給有限合伙制創業投資企業的投資者打了一針“強心劑”。根據116號文件規定，自2015年10月1日起，全國范圍內的有限合伙制創業投資企業采取股權投資方式投資于未上市的中小高新技術企業滿2年（24個月）的，該有限合伙制創業投資企業的法人合伙人可按照其對未上市中小高新技術企業投資額的70%抵扣該法人合伙人從該有限合伙制創業投資企業分得的應納稅所得額，當年不足抵扣的，可以在以后納稅年度結轉抵扣。

在116號文件生效之前，直接投資于未上市中小高新技術企業的創業投資企業，可以根據《國家稅務總局關于實施創業投資企業所得稅優惠問題的通知》（國稅發〔2009〕87號，以下簡稱“87號文件”），按照其對中小高新技術企業投資額的70%，在股權持有滿2年的當年抵扣該創業投資企業的應納稅所得額。由于有限合伙制創業投資企業不具有法人資格，其本身不是企業所得稅的納稅人，而是采用“先分后稅”方式，由投資者就其按照基金向其實際分配的收益和根據合伙協議應享有而未分配的收益之和繳納所得稅。因此通過投資有限合伙創業投資企業，從而間接投資未上市中小高新技術企業的法人企業不能享受87號文件的稅收優惠，唯一的例外是中關村國家自主創新示范區內的有限合伙制創業投資企業。

向未上市中小高新技術企業進行股權投資需要的資金額度高，風險大，且需要高度專業判斷，因此由數家投資企業和專業投資機構組成有限合伙進行間接股權投資的方式普遍受到投資者青睞，采取這種方式，投資者作為有限合伙人承擔較小的風險，而且普通合伙人都是專業投資機構，可以對投資對象進行專業的評估和監督。但是87號文件規定的稅收優惠造成了不同投資方式的不同稅收待遇，這種狀況對有限合伙制創業投資企業顯然是不公平的，有違稅收中性原則，不利于有限合伙制創業投資企業的發展，進而束縛了企業間接投資中小高新技術企業的積極性。

例如，甲企業占有限合伙制創業投資企業乙的出資份額為40%，乙對未上市中小高新技術企業丙滿2年的股權投資額為1000萬元，在116號文件生效之前，由于乙不是企業所得稅納稅人，而甲又不符合87號文件關于“直接投資”的條件，甲和乙均不能享受抵扣應納稅所得額的稅收優惠。

在116號文件生效之后，通過有限合伙制創業投資企業進行間接投資的法人企業也可以享受以投資額抵扣應納稅所得額的稅收優惠，基本消除了直接投資和間接投資的稅收待遇差別。承上例，在116號文件生效后，有限合伙制創業投資企業乙企業對丙的1000萬元投資中歸屬于甲的部分=1000×40%=400萬元。這部分的70%，即280萬元可用于抵扣甲從乙分得的應納稅所得額。

需要注意的是，116號文中有限合伙的法人合伙人享受的稅收優惠，與直接投資中小高新技術企業的法人企業相比仍然受到限制，因為后者可以按投資額的70%抵扣其全部應納稅所得額，而前者只能抵扣從該合伙企業分得的應納稅所得額。如果該合伙企業在股權投資未上市中小高新技術企業滿2年的當年，分配給法人合伙人的所得和該法人合伙人按其占有限合伙制創業投資企業的出資比例應分得的合伙企業留存收益之和少于股權投資額的70%，則需要結轉以后年度抵扣。

例如，甲企業對未上市中小高新技術企業滿2年的直接股權投資額為400萬元，則可以抵扣應納稅所得額相當于投資額的70%，即280萬元，如果甲企業當年的應納稅所得額為300萬元，則抵扣后應納稅所得額為20萬元。

如果甲企業是通過有限合伙間接投資于未上市中小高新技術企業，且歸屬于甲的投資額仍為400萬元，可以抵扣應納稅所得額仍為280萬元。如果甲企業當年的應納稅所得額為300萬元，但是從有限合伙分得的應納稅所得額為180萬元，則甲只能抵扣從有限合伙分得的部分。抵扣后甲的應納稅所得額=300-180=120萬元。當年抵扣后仍有100萬余額，需留待以后年度從來自該有限合伙的應納稅所得額中抵扣。