物業公司水費差額征稅是指物業公司在向業主收取水費時，按照實際用水量向供水公司繳納水費，但向業主收取的水費金額高于實際繳納給供水公司的水費金額，這部分差額需要繳納增值稅。

具體計算方法如下：
1. 首先需要確定實際用水量和實際繳納給供水公司的水費金額。
2. 然后需要計算出向業主收取的水費金額，即實際用水量乘以收費標準。
3. 如果向業主收取的水費金額高于實際繳納給供水公司的水費金額，那么這部分差額需要繳納增值稅。
4. 增值稅的計算公式為：差額金額 × 3%。

例如，某物業公司向業主收取了10000元的水費，但實際繳納給供水公司的水費只有8000元，那么差額為2000元，需要繳納增值稅。增值稅的計算公式為：2000元 × 3% = 60元。

因此，該物業公司需要向稅務部門繳納60元的增值稅。