物業公司在征收水費差額稅時，應該按照國家稅收法律法規的規定，確保稅務合規。具體操作如下：
1. 確定征稅基數：物業公司應該確定征稅的基數，即按照國家規定計算出物業小區每戶的實際用水量，然后按照稅率計算出應繳納的稅款。
2. 繳納差額稅款：物業公司應該按照規定的時間和方式繳納差額稅款，同時保留好相關的稅務憑證和記錄。
3. 定期申報：物業公司應該按照規定的時間和方式定期向稅務部門申報水費差額稅，確保申報的準確性和及時性。
4. 合規審計：物業公司應該定期進行內部審計，確保稅務合規，同時接受稅務部門的監督和審計。

總之，物業公司在征收水費差額稅時，應該遵守國家稅收法律法規，確保稅務合規，避免出現違規行為。