年終獎扣稅的算法有兩種，分別是一次性計算法和分期計算法。

一次性計算法：將年終獎的金額與上年累計收入相加，再按照稅率表計算應繳納的個人所得稅，最后減去已繳納的稅款即為應扣稅額。

分期計算法：將年終獎的金額按月份平均分攤到全年12個月中，然后再按照稅率表計算每個月應繳納的個人所得稅，最后累加每個月的應扣稅額即為應扣稅額。

需要注意的是，根據個人所得稅法的規定，每個人每年享有一定數額的免稅額和專項扣除，可以在計算個人所得稅時減免應繳納的稅款。