代墊運費應該計入“應付賬款”科目。因為代墊運費是公司代替客戶支付的運費，屬于公司的應付款項。在會計賬務處理時，應該將代墊運費的金額記入應付賬款科目的借方，同時記入銀行存款科目的貸方。