材料運費是生產成本中的一部分，應當計入到產品成本中。因此，材料運費單獨開票應當記入“生產成本-制造費用”科目。具體會計分錄如下：

借：生產成本-制造費用
貸：應付賬款或現金

其中，應付賬款是指材料運輸公司的應付賬款，如果是現金支付，則直接記入現金科目。