商標設計費用應當計入“研發費用”或“廣告費用”科目。具體計入哪個科目，應當根據公司的會計政策和實際情況進行決定。如果商標設計費用是為了開發新產品或改進現有產品，那么應當計入“研發費用”科目；如果商標設計費用是為了促銷產品或提高品牌知名度，那么應當計入“廣告費用”科目。