施工全過程跟蹤審計是指對建筑施工項目從開始到結束的整個過程進行審計。主要挑戰包括以下幾個方面：
1. 復雜的合同和支付結構：建筑施工項目通常涉及多個合同和支付結構，包括總包合同、分包合同、供應商合同等。審計人員需要全面了解這些合同和支付結構，并確保其合規性和準確性。
2. 多方參與和信息交流：建筑施工項目涉及多個參與方，包括業主、設計師、承包商、供應商等。審計人員需要與各方進行有效的信息交流，并確保各方之間的合作和溝通順暢。
3. 施工過程的復雜性：建筑施工項目的過程復雜，包括土地準備、設計、采購、施工、竣工等多個階段。審計人員需要全面了解每個階段的具體要求和流程，并確保每個階段的合規性和準確性。
4. 資金的管理和監控：建筑施工項目通常涉及大量的資金流動，包括預付款、進度款、尾款等。審計人員需要對資金的管理和監控進行全面的跟蹤和審計，確保資金的使用合規和準確。
5. 風險管理和控制：建筑施工項目存在一定的風險，包括工期延誤、質量問題、變更管理等。審計人員需要對這些風險進行全面的管理和控制，確保項目的順利進行和風險的最小化。

綜上所述，施工全過程跟蹤審計的主要挑戰是合同和支付結構的復雜性、多方參與和信息交流的困難、施工過程的復雜性、資金的管理和監控以及風險管理和控制。審計人員需要具備全面的專業知識和技能，以應對這些挑戰并確保審計工作的有效進行。