物流公司保險公司賠款的會計處理方法如下：
1. 收到保險公司賠款的會計處理：
   - 借：銀行存款或應收保險賠款賬戶
   - 貸：保險賠款收入賬戶
2. 根據賠償事項的性質，進行相應的會計處理：
   - 如果賠款用于修復或替換損壞的資產，會計處理如下：
     - 借：固定資產賬戶
     - 貸：應收保險賠款賬戶
   - 如果賠款用于支付已發生的費用，會計處理如下：
     - 借：費用賬戶
     - 貸：應收保險賠款賬戶
   - 如果賠款用于補償已發生的損失，會計處理如下：
     - 借：損失賬戶
     - 貸：應收保險賠款賬戶

3. 如果賠款金額超過實際損失，多余部分應當確認為其他收入：
   - 借：其他收入賬戶
   - 貸：應收保險賠款賬戶

需要注意的是，以上會計處理方法僅供參考，具體的會計處理應根據實際情況和會計準則進行確定。建議在實際操作中，咨詢專業會計師或遵循當地會計準則的規定。