當企業存在進項稅額大于銷項稅額的情況時，可以將多余的進項稅額按照以下兩種方式進行處理：
1. 歸還多余進項稅額：企業可以將多余的進項稅額退還給稅務機關。此時，應按照以下分錄進行處理：
借：應交稅費-增值稅
貸：應付賬款
2. 抵扣多余進項稅額：企業可以將多余的進項稅額抵扣下期的應繳稅額。此時，應按照以下分錄進行處理：
借：應交稅費-增值稅
貸：應交稅費-進項稅額可抵扣

需要注意的是，抵扣多余進項稅額時，應按照稅務規定的抵扣比例進行抵扣，并且抵扣的時間限制也需要遵守稅務規定。