稅局說不對，個稅所屬時間應該是8月1-31日，在9月初再申報

這個其實很簡單了，您就順著您公司個稅申報系統的所屬期往下排著走就好了。由于是8月份發放的工資，稅款所屬期的確是8月份，我上面的回答，是依照您公司目前的個稅申報系統往下排到7月份所屬期了。

現在的問題是，我10月將要發的工資稅務所屬期填9月1-30日將不能夠按5000扣除

如果申報系統所屬期為9月份的話，就只能扣除3500元。

老師，那我九月期的按零申報，把這個所屬期錯過來，可以操作嗎?

零申報是要和稅局專管員商量好的，否則直接零申報，稅局會打電話的。