企業自主向主管稅務機關申報加計扣除，根據國稅發〔2008〕116號文規定，企業在申報時應報送以下材料： 　　（1）自主、委托、合作研究開發項目計劃書和研究開發費預算。 　　（2）自主、委托、合作研究開發專門機構或項目組的編制情況和專業人員名單。 　　（3）自主、委托、合作研究開發項目當年研究開發費用發生情況歸集表。 　　（4）企業總經理辦公會或董事會關于自主、委托、合作研究開發項目立項的決議文件。 　　（5）委托、合作研究開發項目的合同或協議。 　　（6）研究開發項目的效用情況說明、研究成果報告等資料