已經在項目所在地預繳了，那項目上的工人工資就不進個稅系統申報了嗎？

六、個人所得稅 全員全額明細申報 總承包企業、分承包企業派駐跨省異地工程項目的管理人員、技術人員和其他工作人員在異地工作期間的工資、薪金所得個人所得稅，由總承包企業、分承包企業依法代扣代繳并向工程作業所在地稅務機關申報繳納。 跨省異地施工單位應就其所支付的工程作業人員工資、薪金所得，向工程作業所在地稅務機關辦理全員全額扣繳明細申報。凡實行全員全額扣繳明細申報的，工程作業所在地稅務機關不得核定征收個人所得稅。（國家稅務總局公告2015年第52號） 省內異地施工作業人員比照上述規定執行。

按理論是可以，但是實務中就不好說，實務中我是看反饋不是這樣，機構所在地也需要申報，你最好全員申報完稅證明是拿申報去異地預繳稅款，這個說交過個稅，叫異地稅局不要扣了

預繳的個稅是公司承擔的，那在第二年匯算時要不要把企稅的應納稅所得額調增呢？

是的，你要是做公司費用，這個影響利潤總額話，這個是需要納稅調增