根據《中華人民共和國稅收征收管理法》相關規定，一般情況下，如果經營所在地已經繳納了增值稅及附加，而項目所在地又要求補繳，則補繳稅款不可以申請退還。 原因是，根據《征收管理法》的規定，該稅款的有效的稅收管理區域應該在項目所在地，因此稅款應該由項目所在地收取，而經營所在地只是作為備用地收取了相同稅款；另外，如果多方都收了這一稅款，那么會極有可能涉及到重復征收的問題，所以當項目所在地發起了補繳要求時，依據規定項目所在地是應當補繳的。 因此，當項目所在地發起補繳要求時，經營所在地已繳稅的情況下，不可以申請退還，主管稅務部門將酌情處理。