已經跨期的也可以在電子稅務局上核銷嗎？流程是什么呢？

是的，也在電子稅務局核銷。

參考這個流程 外經證核銷的辦理流程（以深圳市為例）：1、點擊電子稅務局新版本入口。2、點擊右上角登陸3、輸入賬號密碼，賬號為納稅識別號或社會信用統一代碼，密碼為國稅編碼（納稅須知上的國稅初始密碼）4、點擊全部功能5、點擊登記/認定/優惠/證明，然后再選擇《外出經營活動稅收管理證明》繳銷6、選擇需要核銷的外經證號，點擊增加外出經營情況和繳納稅...

跟我們云南的不一樣

可能各地有差異，按你當地操作。