是的，公司發票留底未認證的發票到年報的時候，如果還有上百萬未認證，稅務局是可以查到這些未認證發票的。 稅務局會通過對公司廢棄發票的檢查來發現未認證的發票。 如果發現未認證的發票，稅務局有權查封公司的賬務處理文件，申請審查，搜查及查封公司的財產。 如果發現未認證的發票，稅務局可以對公司作出行政處罰，包括罰款和滯納金等。此外，稅務局還有可能將公司列為企業稅收違法黑名單，并將黑名單公布給社會，企業以后就無法申領發票，可能會受到更多的行政處罰。 拓展：稅務局有權查封公司的賬務處理文件，審查公司的稅收事項，打擊公司稅務違法犯罪活動；稅務機關應當加強對納稅人的教育和管理，引導納稅人正確申報納稅，完善稅務行為監督，積極發現和處理稅務違法行為。