根據《個人所得稅法》規定，個人出租房屋、車輛、船只取得的租金收入應繳納個人所得稅。李某全年租金收入繳納個人所得稅的計算方法為： 首先，將收入54000元減去3000元的起征點，即得到凈收入51000元； 其次，按照稅率表，凈收入51000元，所得稅應當按照3%的稅率計算，即應當繳納個人所得稅1530元。 個人所得稅的稅率多是按照分檔繳納的，根據國家的不同政策和收入的不同情況，稅率會有所變動。個人所得稅的納稅也受到一些優惠政策的影響，比如捐贈收據、居民習慣性支出等，都會對個人所得稅的計算產生一定影響。此外，個人所得稅計算還應考慮特殊工資、特殊費用、收入扣除等因素，以準確計算出個人所得稅。