小規模公司可以在普通發票系統中申請開具電子發票，也可以在實施地稅局網站上申請開具電子發票。目前紙質發票和電子發票是同步開具，可以先開具紙質發票，然后剩下的發票，可以在普通發票系統或者實施地稅局網站上進行申請。