財務會計制度備案是需要總公司操作的，流程如下： 1.備案前的準備，總公司首先需要根據分公司營業狀況，制定財務會計制度； 2.備案準備好后，總公司需要提交財務會計制度文件、營業執照副本以及企業法人營業執照副本到地稅機關； 3.總公司可以在網上申請，現場受理，或者經由郵寄的方式提交備案申請； 4.地稅機關會在30個工作日內審核，根據審核情況發放備案證書； 5.備案證書發放后，總公司需要及時確認，并確保財務會計實際操作符合備案的內容。 拓展知識：財務會計制度備案可以有助于企業規范操作，提高企業財務管理水平，降低企業財務風險，保護企業利益。