是的，退完增值稅留底稅額時，應交稅費一級科目余額應該是0元。而賬上應交稅費一級科目余額賬上還剩4000多元情況，可能是由于未及時退稅，或者存在稅費申報書和應納稅額不一致造成的。此時納稅人可以根據稅務機關提示的任何業務，補辦完稅手續，及時辦理退稅，使得應交稅費一級科目余額回歸0元。 拓展知識： 增值稅留底稅額是指納稅人在納稅義務期末時，根據增值稅納稅申報表和實際應交稅費，辦理稅款結轉。退稅是指納稅人根據納稅申報表，應繳納的稅費少于實際應繳稅費時，申請國家發放的稅款退還。