法人賬戶轉進公賬的貨款可以作為往來款，也可以作為應收賬款，根據需求靈活處理。首先，需要確認期初貨款是否應該確認為往來款。然后，需要根據私賬上記載的借方明細和我公司實際生產經營情況，把期初貨款按單筆應收賬款的方式分別在賬務系統中進行登記。最后，在此基礎上，接收進公賬的期初貨款可按下列兩種方式處理：（1）若期初貨款屬于長期賬款，則按原貨款來源進行發票開具，并將期初貨款匹配到科目“應收賬款—長期賬款”中。（2）若期初貨款屬于短期賬款，則需四個基本條件：一是貨款能和收款人銀行賬號對應；二是收款方確認接收貨款；三是貨款是由原客戶支付的；四是貨款的往來款賬戶中有客戶的銀行賬號。滿足上述條件后，期初貨款即可核銷科目“應收賬款短期賬款”中對應客戶應收賬款。此外，把資金轉入公賬后，還需要確認公賬內未處理的應收賬款，并為之開具發票，以作后續核對。