小規模納稅人在申報增值稅時，應當將46萬銷售額填在小規模二季度銷售額中。這意味著，小規模納稅人按季度申報增值稅時，每季度的銷售額的金額都不同，并且申報時要將每季度的銷售額填寫在對應的季度中。在計算稅額時，應根據當季度的銷售額，以及當季度的應納稅額，計算稅額。小規模納稅人的銷售額不超過10萬元時，可以填寫免稅銷售額，不用繳納增值稅。因此，小規模納稅人在申報增值稅時，46萬銷售額應當填寫在小規模二季度銷售額中，而不是免稅銷售額中。 此外，小規模納稅人申報增值稅時還要注意一些其他事項，如確定計稅方法、確定稅率、把握稅負金額等。以上這些事項都是小規模納稅人申報增值稅時必須注意的重要內容。