對于公司承包合作社的經營權，并付款的情況，雙方會計科目的處理方式如下： 1、承包方可以將承包費分為以下科目：承包費收入、資產負債表中短期借款（或應付賬款）； 2、被承包方則可以將承包費收入分為以下科目：營業(yè)收入、資產負債表中短期借款（或應收帳款）； 3、雙方應開具發(fā)票、收據(jù)或增值稅專用發(fā)票來記錄有關收支，以便進行報稅。 此外，雙方可以簽訂合同來記錄承包費的付款和收款細節(jié)，以便更加充分的記錄承包細節(jié)，以及方便今后雙方的付款結算等。合同內容應詳細說明，包括具體的金額、支付時間，以及記賬方式等。