是的，水利基金應該填60萬。根據《關于城市建設維護基金的規定》的規定，需繳納由單位和個人收入所得稅額，支出稅額，關稅，和進口稅，而不包括免稅的額度。根據這一規定，普通發票的金額，即不含稅的金額，需要作為稅費支出額納入水利基金，所以小規模納稅人開具的普通發票和專用發票金額總和，即60萬，應該作為水利基金繳納。 拓展知識：水利基金是繳納建設維護基金，其中又包括水利稅和地方教育收費基金。水利稅是指非稅收入中的水利稅，可以分為企業水利稅和個人水利稅，用于補償土地損失、延續河道維護、拓寬水資源保護等水利工程；地方教育收費基金是政府的財政支出，用來補貼地方教育收費，改善教育資源配置，增加教育投入，促進教育公平發展。