是的，如果要在經營所得中扣除專項附加扣除，只能在匯算清繳的時候扣除。例如，一般納稅人在匯算清繳稅款時可以根據《中華人民共和國個人所得稅法》及實施條例的規定，申請扣除額外的專項附加扣除項目。拓展知識：匯算清繳是指企業納稅人業務終結（解體、關閉、準予注銷、吊銷登記等）前一次總結報稅。匯算清繳由匯算、繳納兩部分組成。匯算由納稅人根據稅務機關要求報送匯算書，由稅務機關核算出企業納稅人在進行業務活動期間應納稅款額；繳納是指納稅人根據稅務機關要求，依法報送匯算清繳表，并將匯算出的應繳納的稅款繳至國庫。