這種情況，分公司應該以投資公司的形式，向總公司開具進項發票，作為以分公司名義辦理材料監管戶的投資款項。在記賬時，應先記錄材料監管戶款項的收入，再記錄其投資款項的支出，最后記錄期初投資款項的余額。另外，還要記錄該項目的相關稅收。另外，做好該項目的日常管理和業務報表，以便對該項目的實際經營情況進行監督和控制。