公司注銷、重組時增值稅留抵稅額處理辦法主要有以下幾種: 1、增值稅稅收結轉，也就是進行稅收結轉，將增值稅留抵稅額由被注銷/重組的企業結轉到受讓方/新成立的企業，具體方式是：將原企業的增值稅稅收結轉賬戶由原企業調入受讓方/新成立的企業，然后在調撥時將企業的增值稅留抵稅額調關到受讓方/新成立的企業賬戶； 2、申請減免增值稅，也就是實行稅務存證制度，可以通過提供合法有效的證據申請減免增值稅； 3、實施抵稅辦法，通過提供合法有效的證據，在可抵扣稅費未清償情形下可以直接從稅費支出中一次性抵稅。 拓展知識： 增值稅留抵稅額的的申報程序中，若企業在每月的稅務系統做調整，要保證每月調整前后留抵稅額的數值一致，以減少稅務檢查時可能出現的糾紛。