前期估價入賬的金額大于后期發票金額的情況，應該通過現金流計算來處理。首先，通過準確無誤的計算，以申報為依據，按發票金額和費用明細的合計作為憑據，核對賬簿金額，并將多余款項作為期末應繳納或退還處理。其次，根據相關法律法規查看，如果多出來的款項，需要繳納稅款，應當按照相關稅務程序辦理；如果不需要納稅，可以作為業務余額從中予以撥付。最后，應當建立專項檔案記錄，提高財務管理水平，規范財務收支管理程序，準確確認財務狀況。