分公司員工工資的賬務處理應從總公司發放工資開始。首先，在總公司進行工資發放時，應當做好發放憑證，在總公司記賬時，應當將發放憑證登記在財務賬簿中。其次，在分公司進行工資核算時，應當將總公司的工資發放憑證和分公司的工資計算單作為核算依據，將發放金額登記在分公司的賬簿上，同時也要對工資發放金額和總公司的發放憑證進行對比，以確保工資發放準確無誤。最后，在分公司記賬完畢后，應當將賬簿中的發放記錄及時上報總公司，以便總公司對分公司工資發放進行審核和控制。